Estructura Orgánica,

Dirección Nacional (DIRNAC)
- Gabinete Dirección Nacional
- Unidad de Asuntos Estratégicos (UAE)
- Unidad de Asesoría Jurídica (UAJ)
- Unidad de Auditoría Interna (UAI)
- Dirección de Fronteras (DIRFRON)
  - Departamento de Integración y Facilitación Fronteriza (DIFF)
  - Departamento Medioambiente, Análisis Territorial, y Recursos Hídricos Compartidos. (MAR)
  - Unidad de Aplicación Legislativa y Análisis Territorial (UALAT)
  - Unidad de Medioambiente y Recursos Hídricos Compartidos (UMAR)
- Dirección de Límites (DIRLIM)
  - Comisión de Límites (COMLIM)
  - Departamento de Estudios Limítrofes (ESLIM)
  - Departamento de Operaciones (OPER)
- Departamento Administrativo (DEPAD)
  - Unidad de Finanzas (UF)
  - Unidad de Gestión y Desarrollo de Personas (UGDP)
  - Unidad de Información y Desarrollo de Procesos (UIDP)
  - Unidad de Tecnologías de la Información y Comunicaciones (UTIC)
  - Unidad de Gestión (UG)
  - Unidad de Servicios Generales (USG)
  - Centro de Documentación (CEDOC)
  - Oficina de Partes (Of. Partes)